La flora patagónica se diferencia principalmente en dos sectores: La Estepa Patagónica, por un lado y el Bosque Andino.
La principal diferencia esta marcada por los distintos regimenes de lluvias, así mientras en la Cordillera de los Andes tenemos un régimen promedio anual de precipitaciones de 3000 mm que permite el desarrollo de importantes bosques de variadas especies, en la Estepa este régimen de precipitaciones se reduce a un promedio de 150 mm que sumado a permanentes y fuertes vientos impiden formaciones boscosas de importancia.
En los bosques andinos predominan los árboles del genero Nothofagus, llegando incluso a formarse bosques de una sola especie